Исламската верска заедница се пожали дека не била консултирана „Јени џамија“ да се трансформира во Музеј на христијанското и муслиманското културно наследство.
Оттаму остануваат на барањето, џамијата да биде место за богослужба и за користење на муслиманските верници. ИВЗ повика на итен прекин на секоја активност што го нарушува, како што велат, светиот дух на џамијата.
Со реакција за отворањето на музејот излезе и ДУИ. Партијата изрази длабока загриженост поради последната одлука на Владата за активирање на статусот на „Јени џамија“ во Битола како галерија, занемарувајќи ги верските и историските чувства на една важна заедница во државата.
ИВЗ со години ја тужеше државата за да си ја врати џамијата во владение, но ги изгуби судските спорови.
Долгогодишните истражувања покажаа дека „Јени џамија“ под темелите крие темели на дури три цркви кои датираат од 7., 11. и 13. век, а се смета дека едната од нив е некогаш најголемата црква во центарот на Битола, таа е „Св. Ѓорги“ на која ќе се даде најголемо значење. Како потврда на ова археолозите најдоа сребрен печат со ликот на Свети Ѓорги и втор печат со ликот на Мајката Божја во позиција на молење. За најголем пронајдок се смета откривањето на пекторален медалјон со изгравирани фигури на светци, обвиено во позлата.
Реставрацијата на фасадата на „Јени џамија“ во 2018 година чинеше над 15 милиони денари, средства обезбедени од државниот буџет.
Новиот Музеј во Битола се наоѓа спроти градскиот часовник или како што синоќа на свеченото отворање беше нагласено, тоа е објект со длабоки темели на црквата „Св. Ѓорги“ и високо издигната „Јени џамија“.